До Октябрьской революции на Кубани не было высших учебных заведений, готовивших специалистов для сельского хозяйства, — этим объяснялся низкий агротехнический изоотехнический уровень региона. В 1913 г. в Кубанской области было всего 27 агрономов, 7 ветврачей и 277 ветфельдшеров. Кубанский сельхозинститут был образован по решению Кубано-Черноморского областного Совета рабочих, крестьянских, казачьих, красноармейских и горских депутатов для подготовки агрономов широкого профиля, и 12 марта 1922 года специальным постановлением получил юридическую самостоятельность. В этом же году выпущены первые 12 специалистов — 11 ребят и одна девушка, в 1923 — уже 68, а в 1924 — 120человек.

В институте со дня основания ведется исследовательская работа. В 1934 году из 24 кафедр 19 разрабатывали 77 научных тем. За заслуги в подготовке специалистов сельского хозяйства, за развитие научных исследований указом от 7 января 1967 года Президиум Верховного Совета СССР наградил КСХИ орденом Трудового Красного Знамени.

В 1972 г. в институте было 10 факультетов, количество обучающихся студентов — 6900, преподавателей — 600 человек. В вузе работали 102 кафедры, более 80 из них возглавляли доктора наук.

С 1970 по 2007 гг., почти четыре десятилетия, университет возглавлял И. Т. Трубилин — Герой Социалистического Труда, Герой Труда Кубани, Почетный гражданин г. Краснодара, заслуженный деятель науки РФ, академик РАН, доктор экономических наук, профессор, имя которого неразрывно связано с традициями вуза и историей становления. Благодаря талантливому руководству этого выдающегося человека, институт получил статус университета, был переименован в Кубанский государственный аграрный университет. За годы работы Ивана Тимофеевича университет окончили более 70 тысяч человек, в том числе более девяти тысяч студентов из 83 стран Азии, Африки и Латинской Америки. Кроме того, 240 иностранных граждан защитили здесь кандидатские и докторские диссертации.

Из стен университета вышла плеяда современно мыслящих, компетентных и ответственных профессионалов. Многие дипломированные специалисты КубГАУ впоследствии стали знаменитыми учеными. Это селекционеры с мировым именем — П. П. Лукьяненко, В. С. Пустовойт, В. А. Ковда, Г. С. Галеев, В. М. Шевцов; видные общественные деятели — экс-министр сельского хозяйства РФ А. Н. Ткачев, член Совета Федерации В. А. Бекетов, вице-президент РАН Г. А. Романенко, первый президент Республики Адыгея А. А. Джаримов, председатель Законодательного собрания Краснодарского края Ю. А. Бурлачко. Среди выпускников университета — 46 Героев Социалистического Труда, причем шестеро удостоены этой награды дважды.

Многие лабинцы окончили это учебное заведение, в их числе  вице-губернатор Кубани Игорь Чагаев, глава Лабинского района Владимир Забураев, председатель Совета МО Лабинский район Михаил Колодяжный и другие. 

За 100  лет Кубанский госагроуниверситет стал одним из крупнейших вузов России с уникальной академической средой. Он входит в тройку патентообладателей России и занимает 2 место в стране по количеству научных изобретений. Здесь бережно хранят традиции и, шагая в ногу со временем, используют инновации в образовательной и научной сферах. Сегодня более 80% специалистов и руководителей, работающих в АПК края, — выпускники аграрного университета.